Po přibývajících národnostních konfliktech zničila nacistická ideologie soužití rovnoprávných občanů a poznamenala nevratnou radikalizací vztah „Čechů“ a „Němců“. Národnostní přináležitost se stala primárním rozhodujícím znakem a nutila každého jasně říct, na kterou stranu patří.
Po zřízení Protektorátu Čechy a Morava v něm začal panovat stejný teror jako na celém území Říše, ke které bylo přičleněno i pohraniční pásmo. Ihned začala rasistická pronásledování a odstraňování politických odpůrců. O život během druhé světové války přišlo 40 000 až 45 000 etnických Čechů, převážně kvůli agresivním opatřením nacistického režimu. Téměř 70 000 českých a moravských Židů a asi 6000 Romů bylo zavražděno.Mezi německými Slováky bylo nadšení pro nacismus méně rozšířené než u Němců z českých zemí a v samostatném, nicméně na Německé říši závislém Slovenském státu neprobíhaly do roku 1944 mezi Slováky a Němci žádné výraznější třenice. Teror a vyloučení se týkaly především Židů a Romů. Z 89 000 Židů, kteří žili na Slovensku na konci roku 1938, bylo 70 000 deportováno do Německé říše a většina z nich zavražděna.
