Po pribúdajúcich národnostných konfliktoch nacizmus ideologicky zničil spolužitie rovnoprávnych občanov a poznamenal vzťah Čechov a Nemcov nezvratnou radikalizáciou. Národnostná príslušnosť sa stala primárnym rozhodujúcim znakom a nútila každého jasne povedať, ku komu patrí.
Po zriadení Protektorátu Čechy a Morava tu zavládol rovnaký teror ako na celom území Nemeckej ríše, ku ktorej bolo pripojené pohraničné pásmo. Okamžite začalo rasistické prenasledovanie a odstraňovanie politických odporcov. Počas 2. svetovej vojny prišlo o život 40 000 až 45 000 Čechov, hlavne kvôli agresívnym opatreniam nacistického režimu. Zavraždených bolo takmer 80 000 českých a moravských Židov a asi 6000 Rómov.Medzi slovenskými Nemcami bolo nadšenie pre nacizmus rozšírené menej než u českých Nemcov. V samostatnom, hoci na Nemeckej ríši závislom Slovenskom štáte neprebiehali do roku 1944 medzi Slovákmi a Nemcami žiadne vážne trenice. Teror a vylúčenie sa týkali predovšetkým Židov a Rómov. Z 89 000 Židov, ktorí žili na konci roku 1938 na Slovensku, deportovali 70 000 do Nemeckej ríše a väčšinu z nich zavraždili.
